他安排了一大笔钱，交给镇上同南北双方都有良好关系的民间贤达，要他们在北军来到以后将这笔钱交给联邦政府，并且说明，这笔钱将用于将来戴维斯总统在法庭上的辩护费用，因为他预料，他们的总统被控以叛乱罪而上法庭的命运是不可避免的了。他还把一些重要的文件留了下来，要求妥善移交给联邦政府。
    在这些文件里，有他调查的这样一个案子。
    战争后期，有不少黑人加入北军。1864年10月，在一次战斗结束以后，一个来自德克萨斯州叫做罗伯森的南军军官，怂容手下的士兵，在战场上搜寻受伤的北军士兵，找到黑人伤兵就当场杀害，一共杀害了一百多个北军的黑人伤员。这一事件后来泄露了出来。差不多同时，布莱肯利奇被任命为战争部长。布莱肯利奇一上任就下令调查这一事件，传讯证人，收集证据。他认为，杀害对方伤员和俘虏，这是一种决不可饶恕的谋杀罪，必须受到法律惩罚。而调查和起诉这一罪行，是他这个战争部长的责任。以后的半年里，虽然南方邦联已经到了分崩离析的最后阶段，他一直没有忘记要起诉这项罪行。可惜的是，尽管罗伯森一直追随在戴维斯周围，布莱肯利奇在掩护戴维斯撤退的一路上，却一直没有机会逮捕罗伯森。现在，他知道南方已经瓦解，他没有机会亲自把罗伯森送上南方政府的法庭了。他把有关这个案件的调查文件和证据都留下，要求把它们转交给北军，将来由北方政府来把罪犯绳之以法。
    在安排了所有一切以后，布莱肯利奇给随行人员下令，凡愿意回家的，都可以领一份薪水后回家。最后，他带领几个愿意追随他的人，继续逃亡。在他的概念里，只要总统还在逃亡，他就还是内阁成员，还有职责在身。
     战后三年多，他在英国和加拿大流亡。虽然他在联邦政府里的朋友纷纷劝说他回国，虽然他也知道，他回国是安全的，没有任何危险，但是他没有回来。他居住在尼亚加拉大瀑布的加拿大一侧，在那儿他可以看到边境另一边的星条旗在飘扬。他说，他不肯回国是出于这样的原则：在世界各地还有上千原来南方政府的人在流亡，还没有得到联邦政府的赦免，而现在他是唯一和他们共命运的内阁高官。他在道义上不能把他们扔下不管。这仍然是他的职责！
     1868年，安德鲁•约翰逊总统颁发了圣诞节大赦令，赦免了所有仍然在流亡中的原南方人员。据说，布莱肯利奇坚守职责而不肯回国，是促使总统下达这个大赦令的原因。布莱肯利奇闻讯立即回国，回到了家乡肯塔基。地方上和联邦政府里的朋友们纷纷劝说他返回政界，这时候他还不到50岁，远大前程仍然在等待他。特别是在肯塔基州，他的声望正隆，竞选州长或者联邦参议员是轻而易举的事。但是他拒绝了。南北战争，特别是后期的逃亡，似乎耗尽了他的精力。他对朋友们说，“在政治上，我已经是一座死火山了”。
     1876年是美国建国一百周年。从分裂和战争中终于走出来的美国，一年前就准备在费城庆祝这个重新联合起来的国家的生日。这个时候，布莱肯利奇已经成为举国一致公认的南北和好的象征。庆祝活动的筹备者打算来年7月4号独立日的时候，邀请布莱肯利奇来主持庆典的开幕式。不幸，战争时期的伤病这时突然发作，1875年5月17日，布莱肯利奇死于家乡肯塔基州莱克辛顿，距他离开我们的华盛顿小镇开始最后的逃亡，刚好十年。