布莱肯利奇从一开始就认为，南方的分离是没有成功希望的，为此而打一场内战是愚蠢的错误。然而，当知情的朋友把逮捕他的消息通报他的时候，他变得没有选择余地。他犹豫再三，最后决定带领愿意追随他的肯塔基志愿兵，参加南方邦联作战。
    由于肯塔基州归了北方，他能够带走的肯塔基民兵数量就不多，所以一开始他在南军中的地位并不高。四年战争期间，他表现出了出色的军事才能和战场运气。在南北战争史上，只有他，几乎没有打过什么败仗。布莱肯利奇在南军中的地位迅速上升，深得罗伯特•李将军的器重。到南北战争后期，他在南军中的地位上升到大约第十位，而这完全是靠他的战绩，靠他的指挥才能，南方人开始把他看作第二个“石墙”常胜将军。
    可是，四年打下来，北方渐渐占了上风。1864年冬天，南军处境困难。南方邦联戴维斯总统决定，任命布莱肯利奇为战争部长。罗伯特•李将军得知消息，立即以个人名义敦促布莱肯利奇接受这个任命。李将军认为，这是一个能够影响总统的职位，而南方的命运现在到了关键的时刻。这个决定对于布莱肯利奇也是个人命运的一个转折，他从战场上的一个军人又一变而为文官内阁的阁员。
    布莱肯利奇接手战争部长以后，运用他的管理能力，大力改善了处于冰天雪地里的南军士兵的给养。他和罗伯特•李将军，一个是内阁的战争部长，一个是军队总司令，两人一致认为，南军败局已定，南方人已经为他们的理想奋战过，现在到了光荣投降的时候了。他们想说服戴维斯总统向联邦政府谈判讲和。以后的几个月，是布莱肯利奇企图全力说服南方邦联政府投降的几个月。他运用他的政治技巧，艰难地在南方邦联政府内阁中游说，成功地说服了几乎所有的人，但是却无法说服戴维斯总统。
    1865年4月，李将军在战场上率军向北军投降。戴维斯带领内阁向南方撤逃.
     由于他曾经是一个善于打仗的将军，在南方内阁的逃亡过程中，他理所当然地担任殿后掩护。一路上，他带兵留在最危险的地方，掩护庞大的内阁队伍撤退。一有机会，在能够见到戴维斯的时候，他还是指望戴维斯能倾听他和李将军的意见，立即同北军展开投降谈判。可惜的是，戴维斯非常固执，始终没有改变抵抗到底的决定。
    当布莱肯利奇的马队到达华盛顿小镇的时候，戴维斯一行在前一天已经离去。这就是布莱肯利奇缺席最后一次内阁会议的原因，他也因此而失去了最后一次说服戴维斯的机会。
    这个时候，兵荒马乱，镇上到处是南军的败兵，象没头苍蝇一样乱窜。人心一乱，军纪开始涣散。布莱肯利奇在华盛顿镇停留期间，依然履行他战争部长的职责。他要处理戴维斯留下的大量钱币和文件。他命令给南军士兵发饷。对那些队伍已经散了的士兵，他下令告诉他们，南军司令已经投降，他们可以在北军到来的时候，向北军要求签发证明文件，然后平安回家。对那些队伍建制依然存在的士兵，他下令士兵们要服从命令，保持纪律，不得骚扰民间。