康熙皇帝下令赦免准噶尔各部侵扰内地的罪过，封噶尔丹的儿子为一等侍卫，编入张家口外察哈尔旗。又把喀尔喀蒙古各部增编为五十五旗，命令他们回阿尔泰山以东故地驻牧。他还下令在狼居胥山建立了一块石碑，记述了平定噶尔丹这件大事，噶尔丹叛乱平定以后，蒙古族地区才安定下来。