可惜宇文化及好景不长，很快就战火临头。在中原一带起兵的窦建德，势力快速增长，其兵马长驱直入，节节胜利，直逼江都。宇文化及抵挡不住，连连败退，最后带着萧皇后退守魏县，急忙自立为许帝，萧皇后被封为淑妃。但很快，魏县又被攻破，他们仓皇退往聊城。窦建德率军紧追，最后攻下聊城，杀死了宇文化及。宇文家从此灰飞烟灭，这萧后也成了窦建德的俘虏。虽然窦建德有意，萧皇后有情，但是窦建德女儿勇安公主和窦建德的皇后曹氏对她恨之入骨，生怕窦建德走了隋炀帝的后路，防的很严。这萧皇后很受了窦建德的夫人曹氏母女的一通羞辱，纵是萧后的脸皮厚，“被他母子两个，冷一句，热一句，讥诮得难当”。当萧后言道自己为“未亡人”的时候，被曹氏嘲笑：“未亡人三字，可以免言;为隋氏未亡人乎，为许氏未亡人乎?”说到此地，萧后只有掩面涕泣。既有今日，何必当初?

　　这萧皇后在夏宫安身未稳，一夜恩情，第二天，窦建德即差凌敬送萧后等，到突厥义成公主国中去。萧后原是好动不好静的人，宵来受了曹后许多讥辱，已知他不能容物。今听见要送到义成公主那边去，心中甚喜。想道：“倒是外国去混他几年好，强如在这里受别人的气。”催促凌敬起身，下了海船，一帆风直到突厥国中。

　　义成公主是隋炀帝的妹妹、萧后的小姑，远嫁给突厥可汗和亲。听到萧皇后的下落，就派使者迎接萧皇后。这萧皇后终于有机会远离了羞人的故土，能够出国旅游，那里天高皇帝远，没有人知道自己的那些丑事，也可终老天年。谁知好事不出门坏事传千里，萧皇后在此见到了自己的爱子赵王。但赵王觉得他母亲已为“失节之妇”，不再搭理，给奶妈痛斥萧太后是失节之人。“萧后听见，不觉良心发现，放声大恸，回思炀帝旧时，何等恩情，后逢宇文化及，何等疼热。今日弄得东飘西荡，子不认母，节不成节，乐不成乐，自贻伊戚如此。越想越哭，越哭越想，好像华周杞梁之妻，要哭倒长城的一般。”就算真的哭倒了长城，估计也永远不会像孟姜女一样被人称颂。真是：掬尽三江水，难洗今日羞。

　　应该说，萧皇后的小姑义成公主对她还不错，“自此萧后倒息心住在义成公主处”。但这萧皇后那里能够耐得住寂寞，“只那可汗虽是个勇敢忠厚的蛮王，政治之外并无丝竹管弦之乐，惟裙带下那一答儿是他消遣的事。年近五旬，已弄成病了。不想萧后到来，又看上了眼，向惟沙夫人与薛冶儿凛不可犯。萧后与韩俊娥、雅娘早已刮上了手了，他们又是久旷的人。突厥可汗便增了几贴劫药，只就一旦弄死”。眼见得这萧皇后是个害人精，后来，处罗可汗死了，姑嫂两个又顺理成章地嫁给他的弟弟“颉利可汗”义成公主见丈夫死了，抑郁抱疴，年余亦死了

　　玄武门之变后，李世民即位。公元630年，年届花甲的萧氏，含泪回到长安。此时，突厥大败，义成公主死了，颉利可汗遭擒。按理说，萧氏仍属“战俘”，但她特殊的身份，居然赢得了大唐的礼遇。《旧唐书.太宗本纪》载：“四年春正月乙亥，定襄道行军总管李靖大破突厥，获隋皇后萧氏及炀帝之孙正道，送至京师。”萧氏归来，李世民给足了面子。

　　途中萧后到扬州祭奠隋炀帝，看了那些陪隋炀帝自尽的傧妃，隐隐有羞愧之心。萧后见了巍然青冢，忙扑倒地上去，大哭一场，低低叫道：“我那先帝呀，你死了尚有许多人扈从，叫妾一人怎样过?”凄凄楚楚，又哭起来。萧后起身化了纸，奠了酒，先行上轿。随同萧后而来的两个隋朝的太监和宫女却自尽在隋炀帝的墓前。

　　这时萧皇后已是四十八岁的半老徐娘了，而唐太宗李世民才三十三岁。但萧皇后入朝时，李世民见她云髻高耸，雾鬓低垂，腰似杨柳，脸似牡丹，美眸流盼，仪态万千。不但完全没有按年龄而应有的老态，比一般的少女又多一份独到的成熟果实般诱人的风韵，还在后宫大秀秋千，才华盖世的李世民不禁为之心旌摇曳;再加上萧氏饱经离乱而孕育出来的楚楚可怜的情态，更加令人由悯惜而生爱怜。顾不得年龄的悬殊，更不在乎外人的品评，大唐天子李世民在萧皇后身上体会到一种成熟女人的风韵，更感受到一种类似姐姐与小母亲般的温馨，使他为繁重国事所累的心得到抚慰。这就样，萧皇后被唐太宗封为昭容，成了大唐天子的爱姬。李世民作皇帝后，为了避免重蹈隋炀帝的覆辙，在宫中励精图治，崇尚俭节。萧皇后来到宫中时，他破格举行了一次盛大的宴会来欢迎她，四处张挂着华丽的宫灯，歌舞姬们献上轻歌曼舞，桌上堆满山珍海味，唐太宗以为这种场面已够豪奢了，因此问身旁的萧昭容：“卿以为眼前场面与隋宫相比如何?”