根据所定制度，北洋海军分为前军和后军。前军是舰队的主要作战单位。它由9个营组成(一船为一营)，分为中军及左、右翼。后军为舰队的后勤，负责全舰队的训练和补给。它由16个鱼雷营组成。北洋海军到此时共有舰艇30余艘，41000余吨，大炮120门，官兵4000余名。除了外籍专家，包括轮机在内，有87名高级军官，其中有43人，即占总人数近一半，受过正式训练，35人毕业于福州船政学堂，8人毕业于天津水师学堂。他们中间，24人曾在国外留学：留学英国13人，美国10人，德国1人。未受国外正式训练的人员中，有一些曾去英国、法国或德国作短期考察，协助监造船只，或接船驶返中国。这些军官在整体上显然比起他们在绿营水师或长江水师中同等地位的人，更为胜任。

　　北洋舰队最初并没有标准的操练规定。在《北洋海军章程》公布以后，才有以下八种规定：小操、大操、会操、会哨、合操、操巡、巡历和校阅。每次都记录功过，据以分别赏罚。北洋舰队不仅强调正常操练，而且经常派往南北洋各口巡弋。此外，它还出访海参葳和朝鲜港口，南面则远达新加坡和东南亚水域。

　　北洋海军曾经成功地维护中国在东北亚的海权。但是随着1890年琅威理离职，督责训练乏人，它开始衰退。李鸿章也年事已高，他忙于其他紧迫事情，对海军详情细节便无暇多顾。

　　修筑海军基地防御工事

　　近代海军必须有基地，修筑炮台以资防卫，建造船坞以便船只维修。北洋防线起自鸭绿江口，迄于胶州湾，包括海域辽阔。沿海港湾包括青岛、烟台(芝罘)、威海卫、大连、旅顺、营口、山海关、北塘和大沽，都需要构筑防御工事。然而由于经费限制，李鸿章只能择要设防：大沽、威海卫和旅顺口最受他的注意。让我们逐个看一下这三个港口的情况。

　　大沽

　　这个基地是天津的外港，也是北洋海军司令部的所在地。因此，津沽对于北洋海军特别重要。许多重要的海军机构，诸如大沽船坞、天津机器局、天津水师学堂、北洋武备学堂，以及鱼雷营、水雷营、电报局、电报学堂、贮煤处、海军医院、北洋医学堂，都设置于此。大沽和天津因而成为北洋海军的基地。

　　威海卫

　　威海卫位于山东半岛北端，与大连、旅顺同扼渤海湾入口，地近京畿地区。威海卫宽阔的港湾内的刘公岛及其附近深水，形成船坞的优良地址。由于经费所限，李鸿章直到1887年2月才开始充分注意到威海卫，他派遣戴宗骞和刘含芳前往察勘。于是在威海卫修建炮台，以及兵工厂、鱼雷厂和鱼雷学堂、火药库和贮煤厂。在一名德国工程师指导下，建造一座铁码头，供装煤之用。第二年，北洋水师提督衙门在刘公岛设立。随后丁汝昌又在威海卫设立北洋水师学堂和一所海军医院，进一步增强了它的重要地位。

　　旅顺口

　　这个战略基地位于辽东半岛尖端，久有“东方直布罗陀”之称。李鸿章长期以来就注意到它的重要性，淮剧重兵驻守这个地区。在这个基地修筑炮台，设置鱼雷营和水雷营，不过船坞工程极其艰巨。袁保龄最初被指派主持旅顺营务工程局，它后来由一家法国辛迪加接办。整个项目于1890年最后完成，先后历时10年，耗银300万两。它的石船坞比一般规模更为宏肆，给人印象尤深。《北洋海军章程》规定，提督每年应有6个月驻扎在此，旅顺口的重要性由此可见。在旅顺、威海卫和大沽的铁三角中，旅顺口是最为重要的基地。

　　自清末以来，应否在旅顺口建设一个海军港口，一直是一个有争论的问题。有人主张青岛作为海军港口，位置更好。有人指责李鸿章选取旅顺口是处于一己之私。我认为在旅顺口建立军港并没有错。李鸿章主要由于经费的限制，未在青岛也修建一个有防御工事的军港，作出这样的推断是合乎情理的。李鸿章自己在当时说过这样一段话，有力地支持了这一推论：“胶州湾地居南北洋之中，为北来第一深水船澳，……唯目前限于经费，无可筹拨。”