从此，荷兰侵略者只得龟缩在城堡内。赤嵌城内荷军司令断了援军，又缺水源，先扯起白旗投降。剩下的台湾城，防守非常坚固，炮火猛烈，郑军士兵强攻，伤亡不小。因此，郑成功决定将城长期围困，逼荷军投降。

　　荷兰东印度公司收到逃回去的邮船“玛利亚”号的报告，派来几艘战船救援，又被郑成功水军击败。郑成功在将台湾城围困几个月后，派兵攻占了台湾城外城，使大炮直接对准城里。荷兰总督揆一感到大势已去，不得不开城投降。

　　受降仪式在郑成功军营里举行，郑成功高坐正中，揆一卸下佩剑，脱下军帽，毕恭毕敬地在降书上签下字，带着他的残兵败将，彻底离开了盘踞三十八年的中国宝岛。

　　郑成功在岛上建立了一府二县，又从大陆带去了大量的种子、农具和耕牛，组织军队和民众屯田垦荒，发展农业，为进一步开发台湾作出了积极贡献。