苏军占领阿富汗,遭到了阿富汗各族各阶层人民的强烈谴责和广泛的反抗。阿富汗人民有着3次抗英斗争的光荣历史。在1978年4月苏联支持推翻达乌德政权的军事政变之后,阿富汗人民就开始逐步开展游击战争。当时的游击战只具有内战性质,打击目标主要是亲苏执政党所把持的各级政权和政府控制的武装力量。苏军武装入侵后,游击战的性质就由以反政府为目的的内战很快转变为抗苏民族解放战争。
游击组织多达几十个,游击活动遍及全国各个省,抗苏斗争广泛开展。侵阿苏军为了巩固自己占领的地位,积极镇压阿富汗各族人民的抗苏运动,从此阿富汗开始了一场持久的抗苏游击战和苏军反游击战的较量。
游击队经过多年反政府与抗苏武装斗争,积累了丰富的作战经验。在国际社会的一定援助下,他们以农村广大地区为基地,开展游击战争,扩大与巩固游击队在农村的阵地和活动基地,同时加强城市和交通线上的活动,抗击苏伪军对游击区的进攻。游击队经常利用夜晚或乘敌戒备松懈之机,突然袭击城市政府机关、军营、仓库、停车场等,捕杀苏伪军政官员,炸毁车辆。在有利时机,集中必要力量,奇袭和打击城郊孤立军事据点、哨所和军事设施。在交通公路线上,广泛开展伏击战、阻击战和各种形式的奇袭,不断打击和杀伤苏军。一次,游击队在一支拥有200多辆坦克的苏军大部队行军必经的山口两侧悬崖上埋设了大量炸药,并在山顶上设伏,当苏军通过山口时,游击队引爆炸药,引起石崩,压毁苏军先头部队坦克40多辆,砸死官兵数百人。当苏军以优势兵力进行围剿和扫荡时,游击队则利用山区有利地形采取诱敌深入,疲惫和消耗苏军;或设立伏击圈,从翼侧和后方打击苏军等各种战术。
面对游击抵抗运动的日益加强,苏军采取的军事方针是以军事手段为主,结合政治、经济和外交的措施,从根本上打击各种抵抗力量。苏军占领阿富汗后,建立了反游击战体制,并不断增强反游击战力量。除直接增加驻阿苏军人员外,还大力扩充阿政府军。为消除游击队对城镇军事基地、交通线特别是后方补给线的威胁,摧毁游击队的活动基地或根据地,采取了固守点线、分区围剿的策略。同时为便于对阿境内的游击队进行清剿,苏军还进行了边境封锁,有时对在国外的游击队基地实行空中监视或派地面部队袭击。尽管苏军采取了种种能够使用的办法,都未能达到预期目的。苏军已陷入反游击战争的泥潭之中。随着苏军伤亡的逐渐增加,苏联国内人民的不满情绪也不断增大。旷日持久的反游击战给其国民经济背上了沉重包袱,苏联在阿富汗投入的军事费用占整个国民生产总值的12%。
面对国内严峻的经济形势和社会危机的不断加重,前苏联总统戈尔巴乔夫认为,在阿富汗继续没完没了地进行这场战争是得不偿失的,决心尽快结束这场战争。1988年2月,戈尔巴乔夫公开发表了从阿富汗撤军的声明。1989年2月15日苏联撤出最后一批侵阿苏军。至此,这场致使500万阿富汗人背井离乡的苏军侵阿战争,以双方军事力量斗争处于僵持状态告终。
苏联入侵阿富汗是苏联第一次在其东欧盟国之外大规模地直接使用本国的军事力量,表明苏联的扩张主义又进入了新的阶段。这场战争加剧了亚太地区的紧张局势,因此遭到国际舆论的普遍谴责,苏联的国际声誉也因此而大大下降。