刘君孚受抚后，反戈一击，率众抓了黄金龙并斩之。于成龙平叛有功，巡抚张朝珍据实上报，并请复官，任黄州知州。张巡抚的报告得到了康熙皇帝的批准。

　　于成龙至黄州赴任，又遇湖北大乱。永宁有何士荣反，阳逻有陈鼎业反，白水畈有周铁爪、鲍世庸反，石陂有刘启业反，这些人各拥有数千人马，号称十万，直向黄州杀来。此时的黄州城内，官民全计，总共只有数百人。有人向于成龙建议，鉴于敌我力量悬殊，请他退出黄州专守麻城。于成龙说：黄州，乃七郡咽喉之地，若一旦放弃，则荆州、岳县也就瓦解了，因此，我誓死不敢放弃黄州。但坐守黄州也非良策，应当主动出击。贼人虽多，但都看何士荣行止行事。若能先剿灭何士荣，其余的可不攻自下。于是召集乡兵，得二千多人。于成龙令黄冈知县李继攻陈鼎业。何士荣此时占据了黄土坳，于成龙令把总罗登云、武举人张尚圣迎击。不料两军相遇，清军不利，于成龙便急忙赶到张尚圣营中督战。到了中午，乡兵们得到消息都汇集起来，有五千多人，驻扎在箔金寨，与叛军对垒。第二天一早，何士荣率数万之众分东西两路向清军发起了进攻。东路叛军人少，罗登云率领一千多人前去抵抗。西路叛军人多，于成龙亲率千总李茂升抵御西路叛军。于成龙令张尚圣抵御叛军右面，把总吴之兰进攻叛军左面。然战斗刚一打响，吴之兰便中炮阵亡。叛军见之，斗志猛增，攻势更急，以至战火烧着了于成龙的胡须。情况危急，部下劝于成龙暂且避一避。于成龙怒叱道：今天就是我的死期!敢言退者，斩!又对李茂升说：我若战死，你可向张朝珍巡抚报告。说罢，扬鞭驱马直向叛军阵上冲去。李茂升恐于成龙有闪失，急发炮火轰倒了叛军大旗，并率军跟进。交战中，李茂升马中枪，李茂升跳下马来，接连射杀二人，换了匹马后，又手刃数人。张尚圣则率军从山右绕到叛军阵后，前后夹攻，叛军大败，割下用以计功的叛军左耳有数千只之多。何士荣左臂断了被擒。罗登云迎击东路叛军，亦将东路叛军击败，叛军溃败数十里。于成龙缴得叛军花名册，看也不看立即就烧了。于成龙又乘胜追击叛军直到吕王城。这时，有人建议稍事休息。于成龙说：破竹之势，不可失去。埋锅造饭吃毕，于成龙便下令将所有的炊具全部毁弃。于成龙在马上草拟了一份宣传文告，说：有能抓住叛贼来的，重赏;有来投降的，免死;被胁从叛乱的，回来的可闭门在家;只要没有武器，即使从了贼，也一概不予追问;若私藏武器，即使是一般老百姓，也要处死。溃败的叛军听说何士荣被擒，而花名册又被于成龙烧了，于是纷纷丢下武器，散了。何士荣破，周铁爪、鲍世庸等随后也一一被擒。

　　这一仗，于成龙立了大功。他自召集乡民拒敌，并以数千乡兵剿平数万叛军，前后不过24天，而且没有花费公家一匹布，一斤粮。

　　康熙十七年，于成龙升任福建按察使，这职务相当于省高级法院的院长。当时，郑成功常从台湾进犯泉州、漳州诸郡，有人因被扣上“和郑成功有联系”而获“通海罪”，竟株连了数千人。此案若成，这些人当被屠杀。于成龙经过一番调查了解后，向康亲王上了一书，说明这案子牵涉到的，大多数都是一般老百姓，应予释放。康亲王一向看重于成龙，同意了他的请求。福建清军中，又多掠良家女子为奴。于成龙又四处集资为这些女子赎身，让她们各自回家。巡抚吴荐廉上疏称赞于成龙才能。于成龙由是升任布政使，副省级了。

　　康熙十九年，于成龙升任直隶巡抚，一省的最高行政长官。他一到任即下令，省所属各级官员，不得私加火耗银子来馈遗上级官员。所谓火耗，本是碎银熔铸成锭的损耗，然后来则成了赋税正款外的勒索。清初时期，火耗极重，私加火耗，多为各级官员中饱私囊。于成龙这一纸令下，不知减轻了该省老百姓多少负担。

　　康熙二十年，因母丧，于成龙告假获准。然服丧不久，即受命任江南江西总督。于成龙到任后，经常微服私访，以了解民间疾苦和下属官员的操行。他自己办公，则常常是通宵达旦。江南民俗本好奢华，但作为正二品大员的于成龙，一月难得吃上一回肉，常年以青菜为主菜，故而得了个“于青菜”的外号。他榜样的作用是巨大的。江南士绅百姓，相率学习，将绫罗绸缎换成了粗布衣服，外出轻装简从，做家具也不再描金绘银，婚丧嫁娶也不再铺张浪费。在于成龙治理期间，连强盗偷儿们都远远地逃离开了。于成龙上任没几个月，江南江西大治。康熙二十三年，于成龙又兼任江苏和安徽两省巡抚。不知是否劳累过度，没有多久，就在任上逝世了。