夸美纽斯在这国破家亡的黑暗时代，伤痛祖国的沉沦，愤恨弱肉强食的掠夺战争，渴望和平、安宁、光明世界的到来。他以顽强的斗志，站在斗争的第一线，同反动势力进行了艰苦的斗争，成为反封建斗士。1618年，他发表《致天国书》，以“被压迫的贫民对上天的控诉”自称，深刻揭露了种种不平等现象，他对上天控拆道：“不公平的是，那些人（富人）有无数的人世上的财物，而我们却贫穷困苦，可是我们本来跟他们一样都是你创造的1他们的粮食囤积满仓，任凭老鼠啮食，我们却沦为饿殍……”

　　1624年，德皇斐迪南二世颁布了一项法令，把所有新教徒从捷克驱逐出境。夸美纽斯同其他“兄弟会”成员隐居在波希米亚的密林中，继续从事救国活动，并进行教育研究，教导会员子弟。他们深信良好的教育是复兴祖国和改良社会的主要手段。

　　1625年3月，“兄弟会”在杜布拉维查村举行元老会，会议决定马上跟波兰取得联系，要求避难，并推选夸美纽斯为谈判代表。为了“兄弟会”和祖国的利益，夸美纽斯冒着被捕的危险，来回奔波，终于达成了有关协议。

　　1627年，德皇再次下令，以天主教为捷克唯一合法的宗教，市民必须在六个月内公开信奉天主教，否则要被流放国外。因此，1628年2月，夸美纽斯同三万多户“兄弟会”家庭告别祖国，迁往波兰黎撒避难。在离别祖国之际，夸美纽斯的心情极其沉痛，想到多灾多难的祖国在异族的统治下痛苦地呻吟，可她的子孙们为了生存和图强却要离开她……，此时此刻，他怎么也压抑不住对祖国的炽热感情，他愤然爬上高山，面对可爱的祖国，双膝跪倒，泪如雨下，用赤子的热泪滋润着母亲的心田：“祖国啊——母亲，再见吧！”

　　随后的13年，夸美纽斯栖身于波兰，这段相对平静的日子帮助夸美纽斯完成了几部影响时代的巨著：《语言学入门》、《大教学论》、《母育学校》、《物理学概论》都完成于这个时期。其中《大教学论》一书奠定了夸美纽斯教育思想的基础。

　　1641年，夸美纽斯应邀赴英国建立一所泛智学院，但因英国国内战争爆发而未能实现。1650年，他又应邀去匈牙利担任常年教育顾问，办起了一所泛智学校。1654年，夸美纽斯再次回到黎撒，继续从事泛智教育研究。就在此时，三十年战争波及到波兰，波兰当政者怀疑捷克“兄弟会”支持瑞典人，遂将黎撒城付之一炬，捷克“克弟会”失去了最后的主要避难所。夸美纽斯的住宅、图书馆和他准备了40年之久的《捷克语宝库》手稿毁于一旦。

　　也许由于首次驻留阿姆斯特丹有良好印象的原因，那里商业的繁荣冲淡了战争的阴霾，让流浪者找到一个宁静而无偏见的栖息之所。晚年的夸美纽斯决定定居于此。1670年11月15日，颠沛流离一生的夸美纽斯带着对祖国的眷恋之情在阿姆斯特丹逝世，终年79岁，遗体葬于阿姆斯特丹附近的拉尔登。